En la fortaleza se construyeron dos polvorines ambos en la parte que da al Este, por ser esta la que tenia menor posibilidad de ser atacada.
Uno se construyo en el baluarte de San Narciso que fue destruido en la voladura de 1939.
El otro se construyó en el Baluarte de Santiago, este quedó ubicado en el interior de las dependencias del Penal. En un primer momento se pensó utilizarlo como enfermería. Posteriormente se desechó la idea y fue transformado en capilla con el aspecto que hoy todavía se conserva.