La construcción de la iglesia, aunque se inició, nunca se concluyó. Su estructura quedaba determinada por un gran espacio central de forma elíptica, que debía estar cubierto por una cúpula. Envolviendo ese espacio se forma una nave en forma de pasillo, que da acceso a cuatro capillas de ábside semicircular, dos a cada lado de la iglesia, y que incluye en su parte central la zona del presbiterio. Sobre la puerta de entrada se debía situar el coro al que se accedía por dos escaleras de caracol de piedra, de una extraordinaria factura. La galería porticada de esta isla, adquiere en el tramo de la fachada de la iglesia, unas dimensiones mucho mayores, formando un atrio de gran belleza. Las paredes y algunos arcos y puertas que se levantaron ponen de manifiesto el esmero con que se proponían dar realce a esta construcción.
Bajo el suelo de la Iglesia encontramos una cripta para enterramientos, se supone que reservado para los Jefes y mandos fallecidos. No se observa que se haya utilizado en ningún momento.