Las caballerizas de la Fortaleza medían en origen 320 metros de longitud. Durante la Guerra Civil, una parte de ellas fue utilizada como almacén de munición, y en la voladura de 1939, quedó reducida a la mitad.
De los 450 caballos que pudo alojar en su día, hoy sólo habría lugar para 280.
Su pavimento inclinado de adoquines facilitaba la limpieza de la instalación, cuyos residuos líquidos eran eliminados mediante las cunetas colectoras.
La ventilación se hallaba garantizada por una sucesión de nichos abiertos en el fondo de las pajeras.
Estos nichos conectan por su parte superior con unas chimeneas que los ponen en comunicación con el exterior y en combinación con los ventanales del lado opuesto, facilitaban la aireación de las galerías.
En cuanto a los accesos eran cómodos, espaciosos y racionales. Dos salidas directas al foso para el ganado y amplias escaleras para la comunicación del personal con el cuerpo superior de la Plaza.
Las caballerizas carecen de abrevaderos estos se encontraban en el foso y a ellos debían ser llevados los caballos diariamente.
En las Caballerizas falleció el General Álvarez de Castro.
El general Álvarez de Castro, el defensor de Girona, que alentó hasta el último momento el ánimo de la defensa, tiene vinculados a la fortaleza de San Fernando los últimos momentos de su vida.
Girona capituló el día 10 de diciembre del año 1809, y su guarnición fue conducida a Francia. Álvarez no pudo salir de la plaza con el resto de la guarnición, porque la enfermedad aún lo tenía postrado en la cama.
Al sentirse mejor pidió al general francés, Augereau, que le permitiese descansar y restablecerse en un pueblo del litoral, pero se le contestó que marcharía a Figueres.
El día 21 de diciembre, por la noche, se presentaron en su habitación el corregidor y varios gendarmes, y le manifestaron que de orden del rey José debía pasar a Francia como prisionero de guerra.
El general salió de Girona acompañado por su ayudante, capitán don Francisco Satué, y un criado, soldado del regimiento de Santiago, llamado Ambrosio Gómez. Llegaron al castillo de San Fernando a las dos o las tres de la tarde del día 22. Allí fueron alojados en el pabellón de jefes a presentar sus respetos.
Luego sometieron al general Álvarez a reiterados interrogatorios que le agotaban, ya que su estado de debilidad era grande.
A las dos de la madrugada del día 23 fueron conducidos a Francia, llegando el 24 a Perpignan, donde fueron alojados en el Castellet y les fueron quitadas las armas.
Posteriormente, el día 26, fueron encerrados en un calabozo. El día 6 de enero de 1810, fueron sacados de Perpignan y adentrados en Francia, llegando el 18 a Narbona; el día 19, el general fue separado de su ayudante y conducido de nuevo a Perpignan y de allí a la fortaleza de San Fernando de Figueres, donde llegó el 21 de enero y falleció el 22.
Su cuerpo fue enterrado en el cementerio de Figueres. Hay un profundo misterio en cuanto se refiere a los últimos momentos del general; aunque se ignoran las causas de su muerte, la impresión popular dominante, fue que había sido sacrificado bárbaramente, lo que dio pie a la formación de algunas leyendas.
Los historiadores más acreditados se inclinan a pensar que su defunción fue debida a la enfermedad que hacía tiempo lo consumía, incrementada, desde luego, por el trato inhumano de que fue objeto.