Cada cisterna tiene un pozo separado de ella, uno en cada extremo de la plaza de armas, con escalera que baja al piso inferior para dar agua por medio de un grifo siempre que se necesita y evitar por este medio la inutilidad de la cisterna si por cualquier accidente se infecta el pozo.
Existen en el foso unas cisternas destinadas a alimentar los abrevaderos para las caballerías, pero la canalización para su llenado mediante las aguas del acueducto no se llegó a realizar. Por lo tanto, si dichas cisternas recogieron aguas en alguna ocasión, éstas fueron las pluviales tomadas desde el propio foso y, por lo tanto, de dudosas potabilidad y limpieza. Los caballos son animales delicados y este pudo ser el motivo de la pintoresca escena que recoge una de las fotografías: las caballerías de la Fortaleza abrevando junto a un pozo del Patio de Armas.
Una pequeña tubería une el fondo de la cisterna con el del pozo y por ella discurre el agua hasta llenarlo. Situadas bajo los cascos de los caballos, podríamos ver unas gruesas losas las cuales cubren la entrada de un segundo pozo, en este caso seco y paralelo al anterior. Si descendiéramos hasta su fondo, hallaríamos una arqueta de piedra que contiene un grifo de latón. Éste es la llave de paso que controla el llenado del pozo. Una vez cerrada, la cisterna queda aislada de cualquier contaminación o sabotaje que pudiera producirse en el pozo.